Si hay una población en Murcia con restos arqueológicos, cuya Historia ha trascendido a lo largo de los siglos, sucediéndose en el entorno distintos períodos históricos, esa población es La Encarnación. En las afueras de lo que hoy es la villa se encuentra la vieja ermita de la Virgen de las Cuevas, primera patrona de la villa que le da nombre. Las excavaciones arqueológicas han determinado que en el siglo XVIII se erigiera el pequeño templo. Se sucedieron un templo ibérico y hasta dos templos romanos del siglo II después de Cristo.
También hay documentados restos del período argárico, cercanos a la garganta del Estrecho de Cuevas. Los vestigios encontrados determinan que mil setecientos años antes de la era cristiana hubo pequeños hábitats en los parajes, aprovechando la bonanza para las tierras de tener un río tan cerca.
Pocos son los datos de La Encarnación de época medieval. Su Historia se ve englobada en los acontecimientos de Caravaca y los hechos acaecidos tras la Reconquista cristiana. No es hasta el siglo XVIII cuando tenemos más noticias sobre esta villa, siempre ligada a distintos terratenientes y pequeños propietarios que cultivaban sus tierras.