Tratándose de un asentamiento de larga pervivencia, en el entorno y en el interior del poblado deben existir necrópolis fundadas y abandonadas por hechos coyunturales difíciles de determinar. Los cambios en el ritual funerario, probablemente, determinaron la elección de diferentes lugares. Hasta ahora no se ha identificado la necrópolis del poblado ibérico. Los íberos que habitaron en el cabezo (como los romanos antes de que abrazaran el cristianismo) practicaron el ritual funerario de la incineración.
En las necrópolis las tumbas eran señalizadas con estelas funerarias (el equivalente a las lápidas actuales). El status social de la familia del fallecido se puede deducir en función de la calidad de la estela y el trabajo empleado en su elaboración.
Una muestra indirecta de este ámbito son los numerosos fragmentos de sarcófagos paleocristianos traídos desde Roma. Son un valioso testimonio de la temprana cristianización de los habitantes de Begastri. En el yacimiento se ha detectado la presencia de tres necrópolis en lugares distantes: una dentro de lo que podríamos denominar casco urbano, en la parte baja de la parte Norte del cabezo, otra en una pequeña meseta al Noreste del yacimiento y una tercera en la casa de la Muela.