Los fondos más significativos del Museo Arqueológico de Cehegín se exponen, ordenados cronológicamente, en siete salas, aunque existe un proyecto para su futura ampliación. Una serie de paneles explicativos ayudan a contextualizar las piezas y comprender los rasgos más significativos de las sociedades que las concibieron y utilizaron. Tras atravesar el porche de acceso nos encontramos con la Antesala, donde se muestran varias réplicas de mosaicos romanos y del Barco de Jade.
Se asciende hasta la primera planta, donde en la siguiente sala y bajo el sugestivo título 'Desde la noche de los tiempos' se muestran abundantes testimonios del Neolítico en el territorio ceheginero. Especial interés cobran algunas piezas cerámicas y la colección de puntas de flecha de sílex procedentes de los yacimientos de Peña Rubia y Sierra de la Puerta. En la tercera y cuarta sala los visitantes pueden encontrar restos materiales de la Edad del Bronce y Edad del Hierro. De la floreciente cultura argárica, que se extendió en el Sureste peninsular, se exhiben algunas herramientas empleadas en las faenas agrícolas y vasijas cerámicas hechas a mano. La cultura íbera tuvo una amplia implantación en el territorio que hoy domina Cehegín, siendo especialmente significativos los exvotos procedentes del santuario de la Fuente del Recuesto y de Begastri.
La quinta sala del museo muestra la huella dejada en Cehegín por el Imperio Romano, cabe destacar las inscripciones latinas, las más importantes de la Región después de Cartagena. Son igualmente reseñables los sarcófagos importados desde Roma y los relieves visigodos. La sexta sala se consagra a la cultura visigoda y musulmana. Allí se muestra la famosa cruz de Cehegín y la vajilla cerámica más representativa de cada periodo. En la última sala destacan los hallazgos de las criptas de la iglesia de Santa María Magdalena, que constituyen una fuente importante para el conocimiento de la vida espiritual y religiosa de Cehegín durante el Antiguo Régimen.
