La Diputación de Santa Lucía tiene la peculiaridad de disfrutar en sus tierras de dos parajes naturales muy diferentes: monte bajo y litoral.

Se encuentra bordeando la costa cartagenera y, por eso, dispone de grandes acantilados. Pero, a la vez, la bahía ha formado playas y puertos naturales que son aprovechados por el ser humano tanto desde el punto de vista económico como el del esparcimiento.

El litoral sumergido de Santa Lucía, favorecido por su situación geográfica, heterogeneidad paisajística y hábitats, acoge una gran diversidad biológica. En lo referente a la flora marina se pueden destacar especies como las algas, fanerógamas, esponjas y cnidarios. Entre la fauna marina de la costa cartagenera es frecuente encontrar moluscos, crustáceos, briosos, equinodermos y peces; además, en determinadas ocasiones pueden visitar la costa reptiles, como tortugas y mamíferos, como el delfín.

Santa Lucía también incluye montes de casi 300 metros muy cercanos al mar; son las montañas litorales que rodean el puerto de Cartagena y que han permitido ubicar en sus cimas las antiguas defensas del puerto.