Ya se ha destacado antes que, según los estudios existentes, entre los que destaca el de Manzano Martínez, a comienzos del siglo VIII, Mula (un topónimo derivado de la palabra latina mola, que generó el castellano muela) era una de las poblaciones más importantes del sureste peninsular. Y así aparece en el conocido Pacto de Tudmir, por el que los antiguos territorios visigodos situados en la cuenca del Segura pasaron a la órbita islámica.
La antigua población de Mula, situada en el Cejo de la Almagra (cerca de los actuales Baños, según G. Matilla e I. Pelegrín), habría de aceptar, tras la firma de este tratado, un contingente militar de tropas musulmanas que quizá se asentó en el actual cerro donde hoy aparecen las ruinas del castillo de Alcalá.
Con el transcurrir de los siglos, tanto la fortaleza como la alquería que surgió a sus pies (quizá en la actual Puebla de Mula), fue adquiriendo importancia.
Ya F. Amighes señaló que este castillo pudo ser una de las grandes fortalezas estatales que funcionaban como graneros dependientes del estado, donde eran custodiados los productos resultantes del cobro de impuestos.
Ocupado por una guarnición militar castellana tras la incorporación del reino de Murcia a la Corona de Castilla a mediados del siglo XIII, aparece mencionado en la documentación generada durante la ocupación aragonesa de los territorios murcianos entre 1296 y 1305. Al parecer, continuó manteniendo Alcaide durante todo el siglo XIV.
En 1373 el concejo de Mula vendió la propiedad de la fortaleza y de la pequeña aldea, quizá entonces casi despoblada, a Alonso Yáñez Fajardo.
En 1380, los descendientes de éste emprendieron un intento de repoblación del lugar con mudéjares, que quisieron establecer con una conocida carta puebla.