El origen de la cueva, como cavidad, puede remontarse al Plioceno, incluso antes. Las aguas que circulaban por este cerro de San Ginés fueron disolviendo la caliza que lo compone, creando en principio pequeñas fracturas que con el tiempo se fueron ensanchando hasta formar las galerías.
Después la cavidad se abrió al exterior, lo que supone el inicio del relleno, se acumulan en ella materiales detríticos y fósiles de mamíferos, conformando la brecha fosilífera que hoy conocemos.
Durante el Pleistoceno Inferior realizó la función de cubil de hienas, de ahí el número de restos óseos en ella encontrados.
La importancia de esta cueva reside en la abundante fauna en ella hallada, pero sobre todo la presencia de Theropithecus cf. oswaldi, un papión africano.
El hallazgo de fauna africana en el Pleistoceno Inferior peninsular, ha sido de gran importancia ya que ello ha significado que el sureste pudo ser ¿la puerta de Europa¿, desde el Estrecho de Gibraltar hacia el resto del continente.
También de gran importancia han sido los descubrimientos de restos humanos, como una falange del quinto dedo de la mano derecha, un incisivo, muy desgastado, y un fragmento de fémur.
Todo ello, junto a la abundante fauna encontrada, ha hecho de Cueva Victoria uno de los yacimientos paleontológicos más importantes de la Península.