La historia de esta Ermita se remonta al año 1724, porque es en la visita de la Orden de Santiago de ese mismo año cuando aparece la primera mención a la ermita. Por la documentación de la visita de 1738 sabemos que estaba dedicada a la advocación de la Virgen de los Milagros.
En 1744 la Orden informa sobre su estado ruinoso y en 1752 se solicita un informe a un maestro alarife que detalla los daños que sufre el templo y su necesaria reparación. Pese a que en 1771 se colocó una campana en la ermita para llamar a oración a los enfermos, por relato del propio sacerdote encargado sabemos que el templo no poseía ornamentos y que el clérigo debía llevar los necesarios para la liturgia desde Archena.
No fue hasta 1778 cuando un fraile franciscano, Francisco José Martínez, se decidió a recoger limosnas para hacer frente a las obras de reparación necesarias. En este empeño lo sustituyó el prior de Archena Diego Provencio, hasta su muerte en 1779. En 1785 una avenida del río destruyó buena parte de las instalaciones del Balneario, lo que hace suponer que la ermita se vería muy afectada.
A mediados del siglo XIX como muchas ordenes e instituciones eclesiásticas, la Orden de San Juan sufrió la desamortización de sus bienes como consecuencia de la Real Orden del 28 de enero de 1850. Fue el Marqués de Corvera quien compró el Balneario al salir en pública subasta, aceptando el pliego de condiciones que obligaban al comprador a realizar una serie de reformas y a mantener las disposiciones referidas a la gestión del mismo. En ese pliego se hace mención expresa a la capilla: “podrá variar la capilla, sin lastimar el culto divino, antes bien para realzar su servicio y aumentar su esplendor”. El Marqués de Corvera cedería más tarde el Balneario a su hermano el Vizconde Rías.
En 1878 el arquitecto José María Aguilar se encargaría de la edificación del nuevo templo tal y como hoy lo conocemos. A lo largo de los años ha sufrido pocas variaciones aunque se ha procurado rehabilitar allí donde ha sido necesario. Es un templo abierto al culto que depende de la Parroquia del Corpus Christi.