Diseño arquitectónico
El Monasterio de San Ginés de la Jara presenta planta rectangular y una superficie construida de 1.814 m2.
La Iglesia es de una sola nave. Está situada en la zona Norte del Monasterio, lindando al Sur con un corredor del Claustro y al Norte con la Torre Fuerte y la Capilla de San Antonio. El acceso se realiza a través de la fachada Oeste; su construcción comenzó a finales del siglo XVI y se finalizó a finales de 1611 o enero de 1612, según afirma Manuel Muñoz Clares.
La iglesia presenta planta rectangular y tiene seis capillas laterales, tres a cada lado. Posee bóveda de cañón con lunetos y está dividida en cinco tramos por medio de arcos fajones que cargan sobre pilastras. Las molduras correspondientes a arcos, lunetos, pilastras, etc., aparecen pintadas en color azul sobre el enlucido blanco. El interior de la iglesia carece de orden arquitectónico
La fachada principal de la iglesia, es decir la fachada Oeste, ha perdido su cuerpo superior, el cual quedaba rematado con un pequeño frontón triangular y ventana centrada en él. Este cuerpo superior de la iglesia, todavía se conservaba en 1929, según puede comprobarse en la fotografía publicada en la enciclopedia Historia de Cartagena.
La portada de piedra de entrada a la iglesia conserva arco de medio punto con clave resaltada y sobria ornamentación renacentista, con frontón triangular partido donde se inserta el escudo de la orden franciscana; sobre él, el de la Casa de los Fajardo, patronos del eremitorio. Esta dualidad heráldica simboliza la simbiosis en la que vivió el Monasterio en un importante momento de su vida.
Este acceso queda enmarcado por pilastras (decoradas con dibujos geométricos), con capiteles en forma de silbato semejantes a los que existen en la fachada del Contraste de la Seda, actualmente ubicada en el Museo de Bellas Artes de Murcia, y la Casa de los Ponce de León en Lorca. El friso está decorado con relieves geométricos. A ambos lados del acceso se sitúan sendas ventanas parcialmente cegadas, y otra de mayores dimensiones, sobre el escudo citado, para iluminar el coro.
Zonas Interiores
El coro está situado en los pies de la iglesia a modo de tribuna alta. A él se puede acceder desde el primer piso del Corredor Norte del Claustro. A través del Coro se accede a la cubierta transitable de la Torre Fuerte y a la Torre Campanario. Hace años, parte de la bóveda que forma el piso del Coro se desplomó. En la actualidad parte del coro permanece apuntalado.
La capilla del Santísimo: Situada tras el Altar Mayor. En otra época esta capilla se comunicaba con la Torre Fuerte y con el Claustro. La capilla tiene bóveda de cañón y presentaba abundante decoración descrita profusamente por Francisco Henares. Un friso circundaba los muros con la trascripción del Salmo 71. Parte de este friso, estudiado por Julio Más, aún se conserva sobre los muros de la capilla.
La cripta de la iglesia: Se accede a través de dos escaleras laterales, situadas en el cuarto tramo de la iglesia. Físicamente, este espacio se encuentra situado bajo el presbiterio. La cripta presenta un espacio abovedado y una especie de banco situado en el interior. En otra época fue meta final de peregrinos.
Capilla de San Antonio: Capilla anexa a la iglesia, de planta rectangular. La capilla presenta un Baptisterio anexo de planta octogonal y bóveda de arista. La Capilla presenta cúpula policromada (con bandas de color azul) sobre pechinas. Las pechinas de la cúpula estuvieron decoradas, hasta no hace mucho tiempo, con policromías de distintos Santos. La cubierta situada sobre la cúpula, es una cubierta a cuatro aguas, realizada con teja cerámica.
Zonas exteriores
La Torre Fuerte se encuentra situada en la parte Norte del Monasterio; presenta planta rectangular, planta baja, primer piso y una terraza transitable. Es el volumen más antiguo del Monasterio, probablemente construido en la década de 1250 por la Orden de San Agustín.
La Torre Campanario es el cuerpo situado más al Norte de todos los que forman el conjunto monacal. Está formado por tres cuerpos, el primero y segundo cuerpo presentan planta cuadrada, mientras que el superior presenta planta octogonal y alberga el campanario. La cubierta con forma de cúpula dispone en su parte superior de una cruz de hierro de forja. La Torre Campanario es el cuerpo de más altura de cuantos conforman el Monasterio y uno de los más modernos, ya que probablemente tuvo que sustituir a una antigua espadaña, que pudo estar situada en la Iglesia o en la Torre fuerte.
El Claustro tuvo originalmente planta cuadrada, pero la reforma realizada en 1934 por la que se intervino en el Corredor Sur, provocó la transformación de la planta, pasando ésta a ser rectangular, debido a la pérdida de uno de los corredores. El Claustro está compuesto por planta baja y primer piso. Los arcos de medio punto están revestidos con colores azul y rojo, intentando imitar el aspecto de unas dovelas bicolores.
Del antepecho de cada vano de la primera planta, sobresale una pieza con azulejo adherido, el cual presenta decoración geométrica en colores azul y blanco. La bóveda del Claustro, que presenta un peor estado, es la bóveda del Corredor Oeste, donde una parte se desplomó no hace mucho, y el resto se encuentra apuntalado. En el centro del Claustro se sitúa un aljibe, que se alimenta a través de pequeños canales practicados en el piso, a donde iba a parar el agua de las cubiertas. Estos canales conducían el agua hacia una arqueta, desde donde se abastecía directamente al aljibe. La rica decoración de este con un aire andaluz, con azulejos de colores, se realizó en la reforma de 1934, obra de Burguete.
Edificaciones anexas: En la zona del lateral Oeste del Huerto, aparecen una serie de edificaciones en planta baja. Manuel Muñoz Clares data como probable el comienzo de la construcción de estas edificaciones tras la desamortización, al producirse la subasta del Monasterio y pasar éste a ser casa de labor. Durante el siglo XX, estas edificaciones han sido utilizadas como viviendas por labradores que trabajaron el Huerto de San Ginés. Estas edificaciones tienen un importante valor histórico y documental, pues son una importante muestra de la arquitectura tradicional de la Comarca de Cartagena.
El Huerto Conventual: El Monasterio y las edificaciones anexas se encuentran situadas en el extremo Sur-Oeste del Huerto de San Ginés. Este huerto se encuentra dividido por medio de tres caminos en cuatro zonas distintas. La principal función del huerto a lo largo de los años, propia de una orden mendicante, fue la de servir de sustento a la comunidad. A pesar de que el huerto pasó a manos particulares, la labranza continuó siendo su función principal. En el huerto existen 4 embalses.