El 25 de junio de 1641, en la estratégica punta de Trincabotijas, se realizó un experimento de artillería emplazando una pieza para comprobar que satisfactoriamente sus fuegos cruzaban la bocana, y que podían impedir el paso de un buque enemigo. A lo largo del siglo XVII se sucedieron diferentes proyectos para emplazar un fuerte portuario donde se montasen los cañones y quedasen a cubierto eficazmente sus sirvientes. Así, a finales de aquella centuria y comienzos de la siguiente ya estaba construida esta batería que, sin embargo, sufrió considerables daños al derrumbarse parte de la plataforma natural donde se situó. Por tanto, hacia 1770 fue construida otra, esta vez dividiendo el emplazamiento en dos baterías: Trincabotijas Alta y Baja.
El Plan de Defensa de 1860 llevó a una considerable reforma del edificio, cuyo resultado pudo ser semejante (en estilo y disposición) al del actual fuerte de Navidad, en el extremo opuesto de la bocana. Sin embargo, los rápidos cambios tecnológicos de aquel siglo llevaron a una nueva transformación, conforme a los planes de Defensa de 1884 y 1898. Fue entonces cuando se montaron dos grandes cañones de la marca alemana Krupp de 305 mm, en montaje a barbeta, que tenían un alcance en torno a los 12 kilómetros. Las reformas que se llevaron a cabo a finales del XIX afectaron a casi todas las baterías de la bocana de Cartagena, y convirtieron a la ciudad portuaria en una de las mejor defendidas del Mediterráneo.
Poco después de la Guerra Civil (1936-1939), las piezas Krupp serían desartilladas y trasladadas a Tarifa, donde se montaron para el control del Estrecho de Gibraltar en torno a los años cuarenta del siglo XX. La batería pasó a acuartelamiento de la Armada (Defensas Portuarias), que convivió algunos años con la Estación de Calibración Magnética, aún activa a finales de la pasada centuria.
