Trincabotijas Baja es una batería que se encuentra muy transformada por la constante ocupación militar del edificio. Conserva algunas estructuras que se pueden identificar con la batería construida conforme al Plan de Defensa de 1860, aunque su frente se encuentra aún caracterizado por el desmonte realizado para establecer las dos piezas Krupp que se instalaron a finales del XIX, emplazadas a barbeta, además de las pequeñas explanadas donde se situaron otros cañones de tiro rápido para cubrir las zonas muertas de los ángulos de tiro que dejaban los grandes tubos de fabricación alemana. Tras el desmantelamiento de esta artillería, poco después de la Guerra Civil (1936-1939), la batería fue usada como acuartelamiento de la Armada y centro de calibración magnética, por lo que las edificaciones antiguas fueron reformadas, transformando unas y construyendo otras, según la función desempeñada.
No obstante, y como corresponde a la arquitectura militar de estas baterías construidas a finales del XIX, predominan las dependencias subterráneas, ocultas y de bajos perfiles, así como las construcciones de hormigón y tierra apisonada, materiales que podían absorber bien los impactos de la artillería enemiga.