La creación de este santuario y la existencia de un culto a Santa Eulalia de Mérida debe remontarse a los años próximos a la reconquista. Es lógico que la Caballería de Santiago, después de recibir la donación de las villas de Aledo y Totana, instituyera entre las devociones de su territorio la de Santa Eulalia o Santa Olalla, patrona de Mérida, ciudad donde la Orden dio sus primeros pasos tras su creación.
J. M. Munuera y Abadía ha estudiado la historia de esta ermita. Según atestigua a través de varios documentos, en 1494, el culto a la Santa estaba casi extinguido y tan sólo se guardaban leves recuerdos de la existencia de un centro de devoción. El concejo en esta fecha recogió un informe donde se decía que había habido un ermitaño que “por razones de guerra abandonó el lugar”. Luego llegó un hombre llamado Alonso de Murcia, instalándose allí, él y su hijo dando vino por caridad. Posteriormente el sitio pasó a ser propiedad de un particular, Ginés de Arnedo, quien no quiso seguir la costumbre instaurada por sus predecesores. Ante ello el municipio le puso de castigo una multa obligándole a mantener la entrega de vino al que lo solicitaba. La actitud del concejo refleja un interés hacia el centro de culto, que pronto motivó una primera restauración de la pequeña ermita. Así se sobreentiende por lo menos de la visita de 1498, cuatro años mas tarde, donde se describe ya un edificio “de una nave con buenas tapias y cubierta de buena madera e fecho de terrado encima de buenas puertas e cerradura de hierro”.
A partir de ese momento las visitas reflejan con regularidad la situación de la ermita. En un principio no tuvo gran importancia; diríase que la fama de la Santa fue creciendo poco a poco a lo largo del siglo.
La primera noticia conservada sobre la construcción del templo es de 1575.
En los siglos XVII y comienzos del XVIII se hicieron reformas, construyéndose habitaciones para el cabildo y el clero.
En 1712 fue ampliada la ermita con un cuerpo que cumple la función de ermita mayor y un camarín barroco.
En abril de 1878 se puso la puerta principal y se edificó la torre (donde se colocó el reloj), posiblemente reformadas ambas en el siglo XX.
La Santa
Santa Eulalia de Mérida. La Santa, como la llaman popularmente, fue considerada patrona de los enfermos y afligidos, y se le atribuyeron muchos milagros de tullidos, accidentados y enfermos desahuciados. La ermita se levantó en honor de una santa de Mérida, la virgen mártir Eulalia, que supo defender su fe en tiempos del emperador Diocleciano, una vez que fue rememorada por la Orden de Santiago en el siglo XIV.