Anales de la edificación
La fundación se remonta al siglo XVI a instancias del Concejo y de los marqueses de los Vélez. El 28 de enero de 1574 se entregaron al Padre Provincial de la congregación franciscana unas tierras para la futura edificación en el lugar donde estaba una ermita dedicada a la Purísima Concepción. Hacia 1581 comenzaron las obras.
La iglesia de esta primera etapa debía tener nave dividida en seis tramos, sustentada por bóveda de medio cañón con arcos fajones, mientras que para las capillas laterales se habían empleado bóvedas de crucería con nervios de estilo gótico. Las rehabilitaciones posteriores llevadas a cabo y que han dejado a la luz partes de la primitiva estructura, permiten deducir que en el siglo XVIII la iglesia sufrió una profunda transformación. Se construyó otra nave encajada en la anterior, reduciendo así su altura.
Entre los años 1986 y 1990 los arquitectos Humberto Girón Tena y Francisco Landínez Gutiérrez acometieron una primera recuperación, y en la memoria del proyecto, depositada en el Servicio de Patrimonio Histórico de la Región de Murcia, plantean el proceso que posiblemente padeció: ""... Se construye también el coro, ocupándose los tres primeros tramos de la iglesia, recreciéndose las pilastras con fábrica de ladrillo sólo hasta la altura que ocupa el sotocoro y cubriendo éste con arcos rebajados y bóvedas planas con lunetos en los tramos segundo y tercero y el primero se cubre con viguería de madera. En el coro no se recrecen las pilastras, por lo que cada tramo sólo tiene una bóveda. La reforma de la iglesia se completa con la ampliación de la misma, construyéndose un tramo nuevo (donde debía estar la cabecera original), el crucero, el presbiterio y los dos camarines, uno de ellos en el altar mayor, con cripta debajo y otro en el lateral izquierdo del crucero, quedando la iglesia en el estado definitivo que hoy se contempla".
Un acuerdo del año 1740, que se encuentra en el archivo Municipal de Mula, hace referencia a que se está construyendo la capilla mayor y el marqués de los Vélez pide al Concejo que se coloquen en la cabecera de la misma los escudos de armas de su patronazgo, como era costumbre.
El año 1835 el convento de San Francisco de Mula fue desamortizado y quince años más tarde se vendió a Ginés Fernández de Capel y Quijano, Damián Rebel Sánchez y José Bayona Lentisco, cediendo su parte los dos primeros al último. En el lote iba incluida también la iglesia de la Purísima. El nuevo propietario dedicó la iglesia a convento, porque el anterior edificio destinado a representaciones de la calle del Hospital había sido expropiado hacia el año 1866 a Patrocinio Blaya Molina para construir la carretera. El periódico murciano "La Paz" daba la noticia del estreno con la obra "Don Juan Tenorio" el 5 de noviembre de 1876, elogiando el buen hacer de los actores: Eloína Pérez, Aquilino Herrera y Antonio Blaya y Luna.
A la muerte del propietario, heredarán sus dos hijas, que eran religiosas, el convento y la iglesia, cediéndolos éstas al Obispado para la recuperación de los servicios religiosos. Después de realizarse obras de acondicionamiento, el 25 de noviembre de 1894 se celebró la primera misa de la reapertura del templo. Pero no acabaron aquí los avatares de la iglesia, pues en el año 1917 volvió a cerrarse al culto y se utilizó como almacén de cereales y en alguna ocasión de carpintería hasta el último cuarto de siglo.
