Fundación del Colegio de los jesuitas en el siglo XVI
La fundación jesuítica en la villa de Caravaca viene auspiciada por D. Miguel de Reina, quien en torno a 1563 muestra su intención de patrocinar el establecimiento de esta congregación, con el fin de dar instrucción a los jóvenes de este lugar. Con posterioridad otros vecinos de la villa se unirían a su empeño; consiguiendo que se implicara el Concejo Municipal, que fue el que cedió la Ermita de San Bartolomé y un huerto anexo. Finalmente, el 30 de agosto de 1568 el mismo Francisco de Borja encarga al Padre Bartolomé de Bustamante, experimentado y anciano arquitecto de la orden, la fundación de este convento con la realización de los edificios necesarios para la misma; éste es ayudado en su ardua tarea por el maestro de obras Juan Lezcano, también miembro de la Compañía. Tras los trabajos de adecuación se da como fecha oficial de la fundación el 23 de febrero de 1570.
Cuatro años más tarde el primer rector del Colegio, el Padre Diego de Salazar, reclama el cambio de emplazamiento por distintos inconvenientes que resultaban de gran incomodidad para la vida cotidiana en el lugar, entre otros, la escasez de agua para riego del huerto.
En los primeros meses del año 1592, los Jesuitas consiguen la licencia del Provincial de Toledo para trasladarse desde su primer punto de ubicación en la Ermita de San Bartolomé, que sería quizás el lugar aproximado en el que actualmente se encuentra el convento de Clarisas. Su nuevo emplazamiento será favorecido por una serie de donaciones y cesiones de inmuebles por parte de los benefactores de la orden en Caravaca; especialmente la herencia recibida a la muerte del Ldo. Alonso Torrecilla, en la que se incluían la casa y gran huerto en la calle Mayor, por donde transcurría la acequia Real o hila del Pilar, que junto con otras propiedades adquiridas, formarán el espacio para el nuevo emplazamiento.
Traslado a una nueva sede
Comenzaron las obras de forma inmediata, dirigidas por un 'buen maestro de Cartagena'. Según algunos investigadores se trataba de Pedro Monte de Isla, maestro mayor de la Diócesis. De este modo, en julio de 1592 se procedió al traslado de la comunidad, aún sin dar por acabadas las obras y las ampliaciones.
Las obras de la iglesia se dilatan más en el tiempo; una buena inyección económica para estos trabajos les viene dada en 1614 por el nuevo patrono de la Compañía en esta ciudad, el canónigo de la Catedral de Jaén, D. Jerónimo Pacheco. Pero las obras se alargaron hasta tiempo después de la muerte de Pacheco en 1620.
Entre febrero y julio de 1700 se inicia la segunda fase de las obras del Colegio e Iglesia de la Compañía de Jesús de Caravaca. A través del Libro de Fábrica de dicha obra se conocen los nombres de los maestros que participan en la misma, el lorquino José Vallés, que al estar enfermo se veía asistido por su hijo Felix Vallés, Diego de Mora, Manuel Serrano, Martín de Pareja y su hijo Agustín de Pareja, entre otros.
Las obras se dieron por acabadas el 23 de agosto de 1734 e inauguradas el 19 de octubre del mismo año. Paralelamente se acometían otras obras de importancia en el resto del conjunto; hay constancia documental de que en 1700 se contrataban obras de sillería para la construcción del monumental claustro.
Finalmente se formalizó la venta del inmueble el 27 de febrero de 1843, adquiriéndola Pedro Ignacio Ródenas. La iglesia se convirtió en posada, siendo residencia estable de las familias propietarias, que convirtieron algunas de las capillas laterales en viviendas, y en los últimos años, hasta su adquisición y restauración en el año 2000 por el Ayuntamiento caravaqueño, garaje de vehículos. El convento, por su parte, ha albergado, y aún lo hace, desde viviendas hasta locales comerciales, incluso durante largo tiempo el Casino de la localidad; hoy en día continúa en gran parte siendo propiedad de particulares.
Con la expulsión de los Jesuitas en 1767, se inicia el declive del mismo por su propio abandono y falta de cuido. En primer lugar la iglesia continuó abierta al culto, como ayuda de la parroquia, mientras que en 1769 se instalaba un colegio, siguiendo con la tradición del edificio.
La iglesia también fue sede, a partir de 1789, de una cofradía fundada por labradores, en torno a la advocación de San Isidro.