La villa de Alguazas, a raíz de la reconquista, fue propiedad de Dña. María de Molina, pero en 1311 el rey Fernando IV la donó al obispo a cambio del castillo de Lubrin, aunque en 1586 Felipe II incorporó el pueblo al patrimonio de la corona. En el momento de la construcción del templo la villa era señorío eclesiástico. En los primeros tiempos el culto cristiano tenía lugar en una capilla junto a la Torre Vieja, dedicada a San Onofre. En 1480, cuando este espacio se quedó pequeño, se construyó la ermita de San Sebastián, pero en 1528, al trasladarse la población a otro lugar, fue necesario edificar otro templo en el centro de la ciudad.
En 1528 el obispo trazó una nueva villa y señalaron el lugar de la iglesia, que debía ser comenzada de inmediato. La cronología del templo se fija entre 1528 y 1535. En 1534 estaban construidos tres tramos del templo, es decir, prácticamente la totalidad.
Parece ser que la iglesia tenía su entrada en uno de los lados, o por lo menos había una puerta que comunicaba con la calle paralela al lado de la Epístola. No se sabe el maestro que la construyó, pero sí el Deán y el vicario, así que encargarían a las personas que tenían cerca la traza y dirección de esta obra. Por estos años el albañil que tenía el cabildo era Juan de Cabrera el cual supervisó y dirigió las obras de otros templos del mismo tipo, como los templos de Albudeite y Cotillas.
A finales del siglo XVIII se le añadió en el lado del ábside una gran cabecera de planta central, que domina todo el conjunto; el antiguo templo se convirtió en una nave del nuevo edificio neoclásico.
Se trata de una iglesia de arcos transversales, de planta rectangular, fraccionada con tres arcos muy robustos de ladrillo. La parroquia de Alguazas resulta mucho más reducida que el resto de los templos de este tipo. La estructura de la armadura es simple; ocho vigas reposan sobre los arcos. Un almizate decorado con lazos de a ocho, en el que los motivos vegetales en las tabicas intermedias son los rasgos más ricos. Los colores empleados en el adorno son el rojo sangre y el verde con un fondo grisáceo, semejantes a los de la techumbre de San Francisco de Mula.
Según Crisanto López Jiménez esta techumbre fue realizada por los carpinteros de Cuenca, Juan y Bartolomé Hernández en 1566. Sin embargo, Luis Lisón afirma que fueron Antonio Martínez y Bartolomé Hernández.
