Durante los siglos II y I a.C., se construyeron en el cerro de la ermita de la encarnación dos templos, erigidos sobre otro anterior de época ibérica del que apenas quedan testimonios. Estos edificios constituyen uno de los ejemplos más antiguos de templos romanos en la Península Ibérica.
Durante la conquista, del mismo modo que habían hecho en otros lugares, los romanos construyeron sus templos sobre anteriores edificaciones ibéricas. Este fenómeno ocurre, además de en La Encarnación, en otros muchos lugares de la Región como en el santuario de la Luz, en Murcia o la Cueva Negra y el Santuario de las Aguas en Fortuna...etc. Sobre el santuario ibérico, Roma construye el propio como acto de poder para destacar su dominio, en unas tendencias que serán recurrentes dentro del proceso de romanización.
El primer edificio es un templo de orden jónico, octóstilo (ocho columnas en la fachada), con una ancha cella (sala principal del centro), con columnas estriadas, basas áticas y capiteles jónicos. El segundo templo es de menores dimensiones que el anterior, también de orden jónico, tetrástilo (cuatro columnas en la fachada), con un amplio pronaos (vestíbulo) y una cella que los constructores del templo encajaron en la plataforma rocosa, horadada y sobre la cual levantaron los muros del templo con sillares perfectamente escuadrados y encajados.
La decoración del edificio se completa con terracotas arquitectónicas (placas de revestimiento y antefijas de cerámica que solían llevar diversas representaciones) decoradas con motivos vegetales y de sátiros y ménades.