Las obras de la actual parroquia se iniciaron en 1765, pero la falta de recursos económicos paralizó la construcción a los dos años de comenzada. Esta precariedad económica continuó hasta finales de siglo. Tras varios años de parada forzosa, tanto el presbítero y fabriquero del momento, Francisco Sánchez Osorio como Antonio Marco, empiezan a buscar fondos; para ello acuden al Tribunal Eclesiástico con un informe sobre el grave estado de deterioro que sufre la vieja iglesia, la escasa capacidad de su aforo y el riesgo de perder el dinero ya invertido en la nueva por abandono.
En 1782 el presbítero Ramón Rubín de Celis, que era hermano del obispo, ordenó que el cura de la iglesia parroquial de Molina y un notario acudieran a Lorquí para entrevistar a varios vecinos acerca del estado de la iglesia, nombrar maestro alarife, estudiar el estado de las obras y presupuestar los trabajos de terminación de la nueva iglesia.
Toda la gente entrevistada coincidió en declarar que la ruina de la iglesia vieja era inminente debido al desplome de sus paredes y a las grietas del arco de la nave; también comentaron que un año antes, en 1781, la iglesia había sufrido el robo de sus alhajas y ajuar.
El 13 de julio de 1782 se nombraron los dos técnicos: Francisco Bolarín, maestro alarife de la Catedral desde 1771, y Julián Sánchez. El 20 de ese mismo mes emitieron su informe y corroboraron la amenaza de derrumbe de los muros maestros, ya que las pilastras estaban reventadas porque eran de tierra, así como el estado alarmante de los arcos. Por consiguiente, la cubierta también amenazaba ruina y consideraban su reparación inútil al tratarse de una obra que contaba con 200 años de antigüedad. También pasaron revista a las paralizadas obras de la iglesia nueva, alabando su basamento y tamaño, y calcularon un presupuesto para su terminación. En septiembre de 1784 desde Lorquí se comunica que la nueva iglesia, de tres naves, está levantada hasta cuatro varas (Unos 3,3 m de altura).
El empujón definitivo se dio a partir del 18 de marzo de 1797. Para entonces, hay un nuevo obispo, Victoriano López Gonzalo, y un nuevo fabriquero, Manuel Moreno. A lo largo de los años de abandono, Lorquí ha invertido por su cuenta 20.000 reales y el templo está sólo a falta de cubrir. Por fin, el 14 de junio de 1797, el Cabildo acuerda conceder la tercera parte del diezmo de cuatro años de Lorquí y Hondones (se trataba de una ermita dedicada a San Carlos, existente en El Llano o Fondón de Molina) para que se concluyan las obras.
La construcción fue terminada por Pedro Gilabert en 1799. Pero pese a que el exterior del templo estaba casi terminado, aún faltaban algunos detalles y todo el interior, de modo que no pudo celebrarse la inauguración. Además se dio la circunstancia de que los años siguientes resultaron muy convulsos: la invasión francesa, el agitado regreso de Fernando VII, la incertidumbre del Trienio Liberal (1820-1823) o la guerra de la independencia de las colonias americanas ralentizaron la edificación. Finalmente la iglesia fue inaugurada el 29 de abril de 1827, siendo a la sazón obispo de la Diócesis José Antonio de Azpeytia Sáenz de Santa María.
Posteriormente la torre se partió en dos, concluyéndose las reparaciones en 1877. Actuó como maestro de obras Francisco Hernández Abellán.
La iglesia sufrió otro grave siniestro en 1911, a causa de un seísmo que afectó a la sacristía y de nuevo a la torre, agrietándolas.
La última reparación y mejora importante del templo tuvo lugar en 1992 mediante las obras que dirigió el arquitecto Alfredo Vera Botí. Se restauró la fachada principal y se colocó un nuevo pavimento. También se renovó la iluminación eléctrica.