La iglesia de San Andrés tiene planta en forma de cruz latina, con capillas laterales entre contrafuertes y coro alto a los pies. La nave central de amplias proporciones se cubre con bóveda de cañón con lunetos, dividida en siete tramos mediante arcos fajones, de los que dos, de menor dimensión, corresponden al coro.
Las capillas laterales se comunican con arcos abiertos en los contrafuertes y se cubren con bóvedas de arista, salvo las dos del evangelio, y el crucero con cúpula sobre pechinas, habiendo en los brazos del crucero dos ábsides casi semicirculares, cubiertos con bóveda de cuarto de esfera, que dan cobijo a dos grandes retablos. El interior de la iglesia estuvo decorado por Pablo Sístori, con perspectivas arquitectónicas y motivos de rocalla, de los que quedan muestras en el vestíbulo y bajo los revocos de las capillas laterales.
Mª Luisa Moya García, en lo referente a las pinturas de la iglesia señala en su libro 'Pablo Sístori. Un pintor italiano en la Murcia del siglo XVIII'. Academia Alfonso X El Sabio. Murcia, 1983: 'Atienza y Palacios sólo cita el desalojo de San Agustín en 1837 y la desaparición, entre otras cosas, de 'perspectivas de Sístori' que según el autor cubrían la mayor parte de las capillas. Fuentes y Ponte se refiere también a la pérdida de las pinturas 'por un blanqueo general de los muros'. La autora continua diciendo que 'En la actualidad, se han descubierto unas pinturas en el vestíbulo que representan pintadas, una serie de rocallas que dibujan unos lunetos y unas placas que fingen diferentes materiales. El estado general es deplorable y nos impide hacer un análisis más completo de los restos pictóricos aparecidos. Podrían ser del artista, dada su actividad en la iglesia, también los dos nichos laterales del altar mayor, nos recuerdan enormemente el camarín y los dos retablos colaterales de Santa Eulalia. Se han representado unos falsos lunetos y un placaje de diversos materiales en el muro, así como una cornisa sustentada por pilastras acanaladas; el motivo de las guirnaldas de Flores también se repite'.
La capilla de la Arrixaca es de planta cuadrada, con ábside semicircular y sacristía poligonal de cinco lados, a la que le fue cortado uno cuando se fundó el Museo Salzillo. El acceso a la capilla se realiza desde el interior de la iglesia de San Andrés, en el lado de la epístola, a través de un arco abocinado, donde, según Alfredo Vera Botí 'se plantea a nivel de esquema uno de los desarrollos que con más frecuencia vamos a ver en las portadas del siglo XVIII: el de los derrames hacia el interior'. Tiene cúpula sobre pechinas muy decoradas con yeserías barrocas.
En cuanto a los materiales utilizados en la Capilla de la Arrixaca, señalar el uso del ladrillo aparejado en fábricas mixtas en alternancia con cajas de mampuestos y argamasas de cal, separadas por hiladas de ladrillo (Alfredo Vera). Fue construida en 1631 por los Marqueses de Corvera, habiendo sufrido varias reconstrucciones, estando documentadas las de 1890 y la de 1977.
La Virgen de la Arrixaca, patrona de Murcia hasta el siglo XVIII, se encuentra colocada en la capilla de su mismo nombre, dentro de una urna de cristal.
Alfredo Vera Botí comenta que 'Los conventos que durante el siglo XVIII sufrieron modificaciones importantes o fueron reedificados son muchos, y no todos han llegado hasta nuestros días. Del convento de los agustinos sólo nos queda su iglesia (actual parroquia de San Andrés), en buena parte inconclusa, que fue arrancada con pilares de piedra y luego terminada con pilastras planas muy simples, y su gran fachada de sillería con elementos arquitectónicos reutilizados en su portada, fechada en 1762. Después de la exclaustración de Mendizábal las dependencias conventuales fueron abandonadas, habiendo llegado hasta los años sesenta los restos que dejó en pie la construcción de la primitiva plaza de toros, con uso de posada'.
