De la obra del convento de Mercedarios de 1560, el vestigio más antiguo lo constituye la Sacristía, cuya traza corresponde a un prototipo utilizado en el siglo XVI, donde la articulación de los muros se traza en función de un uso práctico para receptáculo del ajuar sacro.
Claustro
El Claustro es de traza renacentista, y pertenece actualmente a la Universidad de Murcia. Su diseño, realizado entre 1598 y 1604, está atribuido a Pedro Monte de Isla, por entonces Maestro Mayor de la Catedral de Murcia. Su construcción se puede datar entre 1604 y 1629; según la documentación existente, en dicho Claustro trabajaron los canteros Pedro Milanés, Damián Pla y Bartolomé Sánchez. Aunque en el contrato de la obra se especificaba que ésta se realizaría en mármol, las circunstancias económicas adversas impusieron el cambio hacia la obra en piedra, siendo la que en la actualidad podemos contemplar.
De amplias y gráciles proporciones, está organizado en dos plantas de orden toscano, donde las columnas en piedra, dispuestas en trío en las esquinas, sostienen arcos de medio punto, con motivos heráldicos en las enjutas. Está coronado por una balaustrada que rítmicamente, en relación con las columnas de los cuerpos inferiores, se interrumpen con pequeños antepechos; esta combinación, donde el vano tiene la mayor presencia, crea un airoso conjunto de gran armonía, relacionado con el Claustro del Patriarca en Valencia. Al interior, las galerías que lo bordean tienen el techo de bovedillas de revoltones entre vigas, resolviéndose las esquinas con bóvedas vaídas.
Iglesia
Por su parte, la Iglesia de La Merced parece iniciarse en el siglo XVI, hacia 1562, pero a principios del XVIII se mejora y amplía. Se sabe que en 1705 parte de la antigua iglesia estaba ruinosa, añadiéndosele un nuevo tramo, que por la estructura del templo y su relación con el claustro correspondería a la cabecera de la misma, mientras se aprovecha la orientación de la primitiva iglesia y algunos elementos de la fase anterior. De esta simbiosis resulta que el templo cuente como un eslabón de unión entre dos épocas, renacimiento y barroco, con rasgos arcaicos que son fácilmente identificables, como la falta de comunicación entre las capillas.
Algunas conclusiones, por análisis comparativos de otras construcciones documentadas de la época, inducen a pensar en la autoría del maestro Toribio Martínez de la Vega y fray Antonio de San José. En 1713, según se ve en inscripción de uno de sus ventanales, se la dota de una nueva fachada, mientras el edificio del convento sufre una destrucción parcial a causa de dos incendios, que no podemos calibrar hasta que punto afectó a la iglesia. De este modo su aspecto actual es fundamentalmente producto de época barroca, con planta de cruz latina, nave central con capillas laterales y coro alto a los pies; cubierta con bóvedas de cañón y en el crucero cúpula encamonada y levemente oval sobre pechinas.
En el lado derecho del crucero un camarín de buenas dimensiones y elevado, pero nada rivaliza en importancia con el magnífico altar del presbiterio (1744-1760), retablo y camarín barroco digno de ser considerado una de las joyas de la retablística de esta zona, apuntándose la posible atribución al insigne Jaime Bort. A pesar de su gran deterioro, es significativa la típica y muy variada decoración de yeserías barrocas que enriquece sus paredes, atribuida a José Balaguer, quien posteriormente continuará con el mismo repertorio en la iglesia del Monasterio de los Jerónimos de Guadalupe (Murcia).
Fachada
En cuanto a la fachada podemos suponer, por el esquema compositivo, que en la reforma de 1713 fue aprovechada la estructura original renacentista, en forma de arco de triunfo, adaptándole la decoración pétrea típicamente barroca que podemos ver hoy en día, en la que se conjuga una gran variedad de elementos ornamentales, con cierta falta de soltura formal; el diseño de esta nueva decoración es de Salvador de Mora y la ejecución de José Balaguer.
De lo poco que resta del convento original no hay nada destacable, pues ha sido transformado y remodelado en distintas ocasiones.