La construcción del complejo monástico se concibe para disponerse en torno a dos claustros, uno de los cuales nunca llego a ejecutarse, aún así es una construcción de imponentes dimensiones que siempre se ha contemplado desde la distancia como una singularidad en mitad de la feraz huerta murciana, por desgracia cada día va perdiendo más protagonismo como edificio de referencia, rodeado de urbanizaciones en el entorno.
Al exterior se encuentra con la mayor parte de los recubrimientos desaparecidos, especialmente en la zona de entrada a lo que fue clausura y a la iglesia, viéndose actualmente el ladrillo al descubierto, aunque aún conserva restos de los artísticos estucos de recubrimiento en las fachadas este y sur, con decoraciones barrocas en tonos blanco y almagra, que de no frenar su deterioro se perderán definitivamente.
El monasterio cuenta con tres plantas:
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Planta baja, rodea al espectacular claustro barroco, muy decorado con elementos similares en su inspiración a las yeserías del interior de la iglesia. Tiene techos abovedados y arcos, actualmente con ventanas acristaladas. Se comunica con la siguiente planta mediante tres escaleras, destaca la del ala suroeste del claustro según la tipología de escalera imperial y también muy decorada en su frontal con el mismo estilo del resto de decoraciones. En esta planta estaría situado el Refectorio y la Sala Capitular.
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La planta primera estaba destinada a las celdas, y también está abovedada. Tiene balcones hacia el claustro.
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La planta segunda es de menor altura y estaba destinada a dormitorio de los novicios.
La Iglesia está situada en el lado noroeste del claustro. Consta de planta basilical de tres naves con cuatro tramos precedida de un nártex. El crucero está cubierto por una cúpula octogonal sobre tambor, con ventanas entre pilastras y rematada por una linterna rodeada de pilastras de sección semicircular.
La decoración de los muros y bóvedas alterna las yeserías figurativas y de rocallas con la pintura mural, todas de carácter barroco y que se da por fechada en su mayor parte entre 1720 y 1740, obra atribuida al artífice José Balaguer, quien anteriormente había realizado la labra de la fachada y las yeserías interiores de La Merced de Murcia.
En los cascos de las bóvedas aparecen figuras de los Padres de la Iglesia oriental y occidental y en el anillo se colocan rítmicamente parejas de niños. En las pechinas están representados los cuatro evangelistas con sus símbolos.
El resto de la iglesia está realizado en materiales pobres, ladrillo y tapial principalmente. Se mezclan elementos geométricos con la exuberante decoración, en los marcos de las ventanas se crea un copete decorado como si de unas rocallas se tratase.
En los muros se mezclan relieves de distintos motivos de yesería con pinturas de pan de oro lineales y guirnaldas. Toda la ornamentación se realza con el color azul y albero. En las cornisas aparece también una seriación de policromías.
El coro, ubicado a los pies de la iglesia, se levanta sobre un arco carpanel, habiendo perdido parte de la bóveda al haber sido colocada en época posterior una cancela o portal de obra bajo una cuarta parte de la misma.
El exterior es de una gran desnudez decorativa, que se veía enriquecida con los estucos de recubrimiento desaparecidos, aunque la fachada crea en el segundo cuerpo unos planos cóncavos que contrastan con la disposición cúbica del edificio. Actualmente se ve la construcción desnuda, realizada en ladrillo.
Las torres gemelas están divididas en dos cuerpos de planta cuadrada y un tercero que presenta menor altura de planta octogonal con contrafuertes y cubierta cupuliforme.
El retablo es de posterior ejecución (1780). Se trata de una obra de transición entre el barroco y el clasicismo formal, ha perdido algunos elementos originales y tiene como guía la fachada de la catedral de Murcia.
Con motivo de la reciente restauración del interior de la iglesia, se han descubierto en las bóvedas de las capillas laterales una sencilla decoración en tonos azules de estilo barroco, que ha sido rescatada, así como en las dos capillas próximas al crucero del lado del evangelio, que según la iconografía aparecida corresponden a la Dolorosa y a San José, donde la decoración cobra carácter rococó, jugando con la plata corlada y una pintura mucho más elaborada.
Además de Fray Antonio de San José aparecen otros artistas: Un portugués, sin consignar su nombre; Balaguer, escultor de los modillones del coro; D. Manuel, pintor de los cuadros que presidían los altares de la iglesia; Juan Gracia, pintor de siete capillas y el altar mayor; Fray Diego Francés, finales del siglo XVIII, se le atribuye la mayor parte de las imágenes que adornaban la iglesia.
A partir de esta fecha los monjes reciben donaciones que enriquecen el convento.