Su uso como lugar de culto esta documentado con toda certeza para el mundo romano si bien es casi seguro que al menos desde época ibérica se ha estado usando con estos fines. Aunque en las excavaciones que la Universidad de Murcia realizó en la Cueva Negra no se localizaron restos arqueológicos que permitan demostrar el uso como lugar de culto en época prerromana, dos hechos parecen indicar que la Cueva Negra era un santuario religioso mucho antes de la dominación romana, y que estos no hacen más que continuar una tradición adoptándola a sus usos y costumbres dándole un contenido propio, santuario dedicado a las ninfas, a un elemento religioso anterior.
En este sentido, la proximidad de los dos yacimientos ibéricos, el Castillico de los Baños y Castillejo de las Peñas podría ser un dato que confirmara este planteamiento, sobre todo si consideramos que la mayor parte de los poblados ibéricos contaban con un santuario en sus cercanías. A este hecho hay que añadir que en los tituli picti, los grafitos, estudiados hasta el momento en la Cueva Negra se ha documentado la existencia de grafías iberizantes que prueba que en el SE hispánico de los ss I-II d.C. el ibérico aún esta lo suficientemente vivo para modificar el latín colonial; este hecho, junto con la pervivencia del elemento indígena en los yacimientos antes mencionados durante época altoimperial parecen ser elementos que pueden testimoniar la utilización de la Cueva Negra con fines religiosos en una fase prerromana.
Tras la conquista romana y la monumentalización de los Baños próximos, el uso religioso pervive, acudiendo a ella aquellos que habían viajado al Santuario de las Aguas, iniciándose un tradición que ha perdurado práctimente hasta nuestros días.
A partir de los ss. III-IV, Fortuna sufre una regresión que, si bien se documenta en todos los yacimientos, en la Cueva Negra es especialmente evidente. Coincidiendo con la decadencia de los cultos paganos, el uso religioso de la Cueva Negra comenzó a decaer, proceso que culmina a inicios del s.V d.C.
