En cuanto al marco expositivo de Arqueología se refiere, se ha logrado el equilibrio idóneo entre las propias características del edificio y las colecciones expuestas.
En el inicio del recorrido se hace una valoración de la Arqueología como la Ciencia capaz de recuperar e interpretar los restos dejados por nuestros antepasados y se muestra el conjunto de yacimientos, la mayoría sin estudiar, del Término Municipal.
Prehistoria
Los primeros pobladores reconocidos ocuparon como lugar de hábitat y de enterramiento la Cueva C-6 en Cabo Cope.
Se exponen materiales de este yacimiento que están fechados en un momento del Neolítico Final (3.000 a.C.). Son de destacar los materiales del Calcolítico (3° milenio a.C.) con una importante industria lítica, sobre todo en sílex: puntas de flecha, cuchillos, raspadores, etc. - en su mayoría donados por D. Juan Pérez - , los primeros elementos metálicos y varias vasijas cerámicas que proceden de Cabo Cope y Tébar.
Del Bronce Argárico (2° milenioa.C.) destacan los materiales de los yacimientos de Los Arejos, Los Peñascos y Fuente Álamo.
Romanización
Los Edificios Públicos Romanos más emblemáticos excavados en el subsuelo de la ciudad son Las Termas Orientales (situadas junto a la Iglesia de San José) y Las Termas Occidentales (calle Rey Carlos III), con una maqueta realizada por D. Pascual Jiménez, y cuyos restos conservados van a ser musealizados en breve.
También se puede contemplar un capitel corintio de mármol procedente de este edificio que fue legado por D. Félix L. Pareja.
El mayor volumen de materiales de época romana se dispone en vitrinas y apartados, formando una serie de monografías muy interesantes: los Materiales de construcción y el Comercio, con explicaciones y exposición del contenedor romano por excelencia, el ánfora, las cerámicas de uso común y las cerámicas de importación con una seriación de materiales procedentes de la propia Hispania, la península itálica, la Galia y del Norte de África.
Una serie de vitrinas y paneles versan sobre distintos hallazgos realizados en Águilas:
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Las factorías de salazones con materiales relacionados con la pesca y las industrias anexas derivadas de ésta.
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La casa urbana donde se exponen los ajuares domésticos de las domi de las calles Sagasta y Quintana.
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El mundo funerario con la recreación de un enterramiento infantil de la Necrópolis tardorromana del Cabezo del Molino y una inhumación del cementerio del siglo III de la calle Aire, diversos materiales de uso personal (agujas, complementos, amuletos, anillos, etc.) y otros relacionados con distintos oficios y ocupaciones (cuchillos, podones, cencerros, etc.).
Numismática
Esta sección recoge desde las primeras acuñaciones hispano-romanas hasta las emisiones tardorromanas de pequeño módulo. El conjunto se completa con numerario medieval y moderno, destacando las monedas de plata de época almohade (siglo XII).
Época Medieval, Moderna y Contemporánea
Está representada por materiales procedentes del Monte del Castillo de San Juan, pertenecientes a la ocupación islámica del cerro entre los siglos XI y XIII.
Se ha reproducido un enterramiento de la maqbara o cementerio de esta época hallado en la calle San Juan.
El recorrido culmina con la época moderna y contemporánea. Se exponen materiales procedentes fundamentalmente del Castillo de San Juan de los siglos XVI al XIX.
Centro de Interpretación del Mar
Comparte espacio físico con el Museo Arqueológico. Los contenidos de éste se refieren a datos del Mar Mediterráneo en general y a la Costa y Fondos Marinos de Águilas en particular.
Están expuestos diversos materiales relacionados con la pesca contemporánea, documentos videográficos de fondos marinos autóctonos, la pesca y sus variedades, problemas de tipo ambiental, etc., que junto a acuarios y peceras que muestran especies del litoral aguileño, completan la oferta de este Centro.
