El Monasterio de Santa Clara la Real de Murcia fue fundado aprovechando las ruinas del palacio islámico del siglo XIII, que las fuentes cristianas de esa época llamaban "Alcacer Ceguir", y en el que habitaron los últimos reyes musulmanes murcianos. Los restos de aquella arquitectura islámica se conservaron entre las sucesivas reformas y consolidaciones; pero también en el subsuelo quedaron enterrados los testigos de anteriores edificaciones de carácter áulico.
En el siglo XIX Javier Fuentes y Ponte, académico correspondiente de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando, publicó las trazas del Monasterio y la descripción de algunos restos de yeserías talladas que observó en su visita al convento de clausura.
Tras la Guerra Civil, al proyectar la restauración del monasterio, el arquitecto Rafael Martínez del Castillo se refería en su memoria a la existencia de ornamentación islámica, de la que aportaba una pequeña fotografía, que se conserva en el proyecto archivado en el Ministerio de Cultura.
En 1960, cuando se demolió la ruinosa ala sur del Monasterio, y se convirtió en garaje, pudieron recuperarse numerosos fragmentos de yeserías talladas entre los escombros, pasando aquellos a constituir valiosos depósitos en el Museo de Murcia.
En 1979, mientras se restauraba el ala norte, que fue hasta entonces refectorio y cocina del convento, bajo la dirección del arquitecto de zona D. Pedro San Martín Moro, quedaron al descubierto dos arcos de yeso y varias yeserías talladas. Diversas intervenciones arqueológicas se han prolongado en el tiempo hasta nuestros días, dando resultados que han superado las expectativas que entonces se tenían.
D. Julio Navarro Palazón dirigió la excavación del ala norte, interpretando los restos encontrados como pertenecientes a un salón y un pórtico de un palacio islámico del siglo XIII.
La excavación en profundidad del suelo del salón septentrional de aquel palacio del siglo XIII dio como fruto el hallazgo de un canal con andenes cortados en cruz correspondientes a una construcción anterior en el tiempo al Alcacer Ceguir, que Navarro identificó con la Dar as-Sugrà ("Casa o Residencia" Menor), que se mencionaba en un texto de Ibn al-Abbar, referente al año 1145, atribuyéndola al emir Ibn-Mardanis, también conocido como " el rey lobo". Se trataría de los restos del centro un gran patio de crucero, sobre el que se elevaba un pabellón o qubba, del que se conservaban numerosos fragmentos de yeserías talladas y algún resto de pintura parietal como el bellísimo flautista.
En noviembre de 1995 fue suscrito el convenio marco para la rehabilitación del convento de Santa Clara la Real de Murcia entre la Consejería de Cultura y Educación, el Ayuntamiento de Murcia, la Caja de Ahorros de Murcia y la Comunidad de Monjas Clarisas, con el fin de "ofrecer a la Ciudad de Murcia y a sus visitantes el Real Monasterio como centro cultural que proyecte al siglo XXI un entorno de indudable valor artístico y que hunde sus raíces históricas en la Baja Edad Media".
Las partes convinieron la cooperación para la recuperación total del conjunto monacal como centro cultural y su posterior funcionamiento como tal, que habría de ser compatible con el uso conventual, "dotando de modo prioritario al convento de habitabilidad y funcionalidad".
