Exposición permanente
La Sala I, que se encuentra en la planta primera, está dedicada a la historia de la Universidad de Murcia. La exposición se remonta a los antecedentes medievales de la Institución, desde Alfonso X el Sabio, pasando por las Universidades predecesoras del siglo XIX: Universidad Literaria y Universidad Libre, hasta su consolidación definitiva después de la Guerra Civil.
Especialmente interesante pueden resultar al visitante los programas interactivos de los discursos de todos los Doctores Honoris Causa de la Universidad, galardones que se empezaron a conceder a partir de 1977. El archivo de voz de los discursos de los Doctores durante su investidura es una fuente histórica de gran valor para conocer con más profundidad las preocupaciones de la Universidad, sus retos y su forma de entender cada momento histórico.
Y si en la sala I el visitante puede conocer la historia de la Universidad, en la sala II se muestra la realidad de la Universidad.
La muestra está dividida en pequeños espacios que se corresponden con las distintas Facultades y Escuelas Universitarias. Estos escaparates, en número de quince, tienen aproximadamente 2,30 X 2,10 metros. En cada espacio se incluye una breve sinopsis y elementos y piezas descriptivos de las distintas Facultades.
La colección estable del Museo de la Universidad de Murcia, cuenta actualmente con 133 colecciones y con unos 2500 objetos.
Exposiciones temporales
La Sala de Exposiciones Temporales fue inaugurada con anterioridad y desde entonces ha albergado distintas muestras de carácter artístico, técnico, histórico o científico.
Las actividades culturales del Museo comenzaron a partir de diciembre de 2001 con una serie de muestras temporales, entre las que destacó Belenes del Mundo (celebrada en diciembre del 2001 y que se prologó hasta enero del siguiente año), España en el Cartel Polaco 1950-2000; Vida Cotidiana y Arqueología en el Éufrates; Anatomía Ciencia y Arte; La Torre de Babel. Mito y realidad; Centenario de la aviación¿. Cabe destacar también la de Ela Wozniewska, con su muestra El mundo icónico.